Às vezes precisamos combinar vários arquivos no formato PDF em um único. Cito como exemplo a junção de partes de um trabalho acadêmico. Explico abaixo uma maneira de fazer:
LINUX (usei UBUNTU)
1.tem que baixar o programa "pdftk":
sudo su apt-get install pdftk
2. depois, via linha de comando, é só entrar na pasta onde estão os arquivos PDF e digitar:
pdftk arquivo1.pdf arquivo2.pdf cat output arquivounico.pdf
3. pronto! os conteudos de arquivo1.pdf e arquivo2.pdf estarao em arquivounico.pdf!!
Fonte da informação: http://ubuntuhowtos.com/howtos/merge_pdf_files
WINDOWS:
É só usar um programinha grátis / open source chamado PDFSAM. Link:
http://www.pdfsam.org/