Ao movimentar o scroll do editor, surgem manchas pretas (tarjas pretas, retângulos pretos) encobrindo o código.
Encontrei uma solução simples e rápida no site
http://www.vgrup.com/2016/02/01/eclipse-scrolling-black-area-problem/comment-page-1/#comment-1625.
Basta rodar via terminal o seguinte comando (dentro da pasta do eclipse), que desabilitará o GTK3:
sh -c “export SWT_GTK3=0; ./eclipse”